香港SARS疫潮過后，人們終于從陰霾中走出來。腦外科醫生程至美（吳啟華(吳啟華 飾) 飾）突然得知前女友的死訊，情緒崩潰，極度自責抑郁。法醫岑雅晴（黎姿(黎姿 飾) 飾）伴其左右，鼓勵他重新建立信心。急癥室醫生黎國柱（林保怡(林保怡 飾) 飾）結束了與女友的戀情，卻卷入與骨科醫生葉淘（吳美珩 飾）及見習醫生曾淑淇（廖碧兒 飾）的三角戀中。不幸感染SARS的心臟科醫生林敏智（陳豪(陳豪 飾) 飾）留下后遺癥，為保全名聲而隱瞞病情，卻令病情日益惡化。婦產科醫生萬安生（邵美琪(飾) 飾）與急癥科醫生向眾仁（曹永廉 飾）正計劃共同生活，然而卻因護士戴玉瑩（姚嘉妮(姚嘉妮 飾)飾）的介入而面臨一場情感考驗。　　由香港無線電視制作的現代時裝醫務紀實電視劇《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三輯，監制戚其義與編劇周旭明的黃金組合更是精心打造此輯“妙手系列”。此輯劇集在風格上延續了前兩輯經典之處，一如既往的得到醫務人員協助實景拍攝，繼續講述醫護人員在工作中的點滴故事。