次日一早醒來，萊拉決定先去威爾的世界。那里沒有教會，“塵埃”也就不會被視為原罪，禁止研究討論。換好衣服，潘躲進背包里，萊拉和威爾來到僻靜的死胡同。穿過裂隙，萊拉興奮的沖出街心公園，很想看看這是個什么樣的世界。一輛車呼嘯著從她身邊駛過，險些撞上。萊拉這才看到，路邊停滿了類似的四輪機械怪物。萊拉的世界里沒有汽車，就如同威爾的世界里沒有喬丹學院一樣。二人小心翼翼的穿過馬路，都沒有注意到路邊一輛毫不起眼的汽車。主教法庭執(zhí)行官博雷爾詫異的看到威爾和萊拉在一起，但他并沒有馬上行動，還有更重要的事要做，只能把尋找約翰·佩里郵件的事暫時交給這個世界的眼線沃爾特斯警督。博雷爾返回教會時，前主教斯特羅克的葬禮已經(jīng)結束。葬禮上，代理主教麥克費爾神父強烈譴責女巫行刺主教的惡行，并在之后的聽審會上，將塞拉芬娜派來的求和使者定罪下獄。在選舉前，他還接受庫爾特夫人的建議，簽下剿滅女巫法令，讓他聲望大漲。當晚，所有神父一致投票推舉麥克費爾為新任主教。與此同時，教會飛艇投下成噸烈性炸藥，將女巫小島夷為平地。庫爾特夫人心中暗喜，麥爾費爾為登大位曾有不少算計，其中不乏經(jīng)過庫爾特夫人之手實施。手里有了主教的把柄，也就不怕教會對自己以后的行動橫加阻撓。此時，在另一個世界里，萊拉失望的看到應當是喬丹學院的地方，只是一片閑置工地。威爾要先去看望母親，然后還要去找律師，便約定黃昏前在兩個世界都有的植物園碰頭。萊拉百無聊賴，看到路邊博物館海報有點喬丹學院的風格，興匆匆前往。博物館里陳列著各種北方遺跡，從愛斯基摩人的古老雪橇到古人類頭骨。萊拉找了個無人角落，取出真理儀，問出心中的問題。從真理儀反饋的圖形，她分析出要去圣彼得學院找一位院士，最重要的是，必須坦承相告。真理儀還表明，要幫助威爾找到父親，萊拉更迷茫。不管怎么說，先抓緊時間去找院士。但實話實說能否有用，萊拉心里犯疑。背上背包向博物館大門走去時，萊拉不經(jīng)意撞上了一個人，趕緊將手里的真理儀揣進口袋，佯裝參觀展品的模樣。那人叫查爾斯，他沒想到一個十幾歲的孩子會對古人類的頭骨感興趣，而且那些頭骨還是他本人收藏再轉贈博物館的。萊拉謊稱自己叫莉茲，隨便敷衍了幾句，找機會離開。一路打聽來到圣彼得學院，萊拉信步走進真理儀所說的，貼有一座大山的門。門上貼的是富士山照片，門后是學院最冷門的暗物質研究所。因缺少經(jīng)費而無所事事的瑪麗院士聽著眼前女孩說了一堆莫名其妙的名詞，什么“塵埃”，“原罪”，“教會當局”，“羅杰”，“喬丹學院”，一時難以理解。但她能看出萊拉并非胡言亂語，本著科學家的研究精神，靜心聽萊拉解釋。聽了好一會，瑪麗院士才明白，萊拉是想了解自己的研究項目。作為交換，萊拉也答應會解答瑪麗的一些疑問后，瑪麗說出了自己的研究項目，暗物質。暗物質無所不在，又很難觀測。瑪麗歷經(jīng)多年研究，才發(fā)明出用于觀測的電腦設備，取名“山洞”。她觀測過很多物體，發(fā)現(xiàn)暗物質對人造物及人類接觸有反應，尤其是她收藏的易經(jīng)盒。直到有一天，瑪麗心血來潮，將導線連在自己頭上。在思考的過程中，電腦屏幕上的波紋出現(xiàn)連續(xù)波動，像是要與她交流。至此，瑪麗猜測出，暗物質是有自我意識的。只有當人的意識處于某種期待狀態(tài)時，暗物質就會回應人的思維。由于瑪麗的研究過于怪異，被學院當成異端學說，棄之不用。萊拉卻恍然大悟，對真理儀的運作原理有了進一步的認識。瑪麗對真理儀能視透萬物仍抱有疑惑，萊拉當場用真理儀回答了她的問題，她在當科學家前是名修女，因不再相信上帝才選擇離開。瑪麗驚訝之余也欣喜若狂，把萊拉帶到了自己的實驗室。萊拉坐在瑪麗開發(fā)的暗物質探測器前，電腦屏幕上的波紋紋絲不動。但當萊拉放空思想，思考問題時，波紋出現(xiàn)劇烈反應。屏幕上的波紋形成圖案，以真理儀的圖形回答萊拉的疑問。暗物質就是萊拉所說的“塵埃”，它告訴萊拉，瑪麗院士很重要，必須由院士帶著易經(jīng)盒子去某個地方。還沒等說清楚，萊拉猛然想起與威爾的約定，一邊忙不迭的跑出實驗室，一邊隨口答應明天再來，丟下心癢難撓的瑪麗院士。在植物園門口等了好一會的威爾見到萊拉氣喘吁吁跑來，不禁大怒。今天他先去翰威老師那看望過母親伊萊恩，確定母親安好后，再去找律師。他希望動用父親的信托基金，為母親找個安身處，再找個心理醫(yī)生治療。可威爾未成年，律師建議與另兩名受托者，威爾的祖父母商量。威爾第一次聽說自己有祖父母，就生活在牛津。他懷著一絲激動，按照律師提供的地址來到祖父母家。誰知剛提到信托基金，祖父就生氣離開。祖母找其他話題東拉西扯，卻說漏了嘴，先是說不太了解伊萊恩的情況，后又說伊萊恩急需專業(yè)治療，威爾立刻明白，他們早與警方有默契，祖父離開說不定就是在聯(lián)系警方。威爾借打翻咖啡杯逃離祖父母家，又久等萊拉不來，真害怕萊拉已被警方抓住，誰想到萊拉卻是在四處游玩。萊拉心里有氣，取出真理儀，讓威爾見識一下比手機更厲害的事物。真理儀不論結果好壞，只說真相。從真理儀上得知，威爾的父親約翰·佩里并沒有死，而是帶著一些信逃走了。有個人想偷取伊萊恩與約翰來往的郵件，被威爾撞破，跌下樓梯身亡。話說到這，威爾自然不再懷疑真理儀的真假。他現(xiàn)在只有信任萊拉，回喜鵲城，找出隱藏其中的奧秘。